This is a list of ports and harbours in Estonia. The article is divided between ports that provide services regardless of vessel size and ports that have restrictions on vessel size or do not provide any services (minor port, väikesadam).

Major ports Ports that do not service foreign vessels are marked with an asterisk.*Ports that only service vessels on state administrative tasks are italicised. Name Location (island in brackets) Sea area Manager Ferry service destination(s)AbrukaAbruka, Saaremaa Parish (Abruka)Gulf of RigaAS Saarte LiinidRoomassaareAegna*Kesklinn, Tallinn (Aegna)Gulf of FinlandTallinn Transport DepartmentTallinn (Patareisadam)BekkerPõhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandOÜ Tallinna Bekkeri SadamDirhamiDirhami / Derhamn, Lääne-Nigula ParishVäinameriMellson Group OÜOsmussaareHeltermaaHeltermaa, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)VäinameriAS Saarte LiinidRohukülaHundipea*Põhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandEstonian State FleetKakumäeHaabersti, TallinnGulf of FinlandHaven Management OÜKelnaseKelnase, Viimsi Parish (Prangli)Gulf of FinlandViimsi ParishLeppneemeKihnuLemsi, Kihnu Parish (Kihnu) Gulf of RigaAS Saarte LiinidMunalaidKuivastuKuivastu, Muhu Parish (Muhu)VäinameriAS Saarte LiinidVirtsuKundaKunda, Viru-Nigula ParishGulf of FinlandKunda Sadam ASLaaksaareParapalu, Räpina ParishLake PeipusAS Saarte LiinidPiirissaarLahesuuPõhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandLahesuu Sadama ASLehtmaLehtma, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)VäinameriAS Direct ConsultingLennusadam(Seaplane Harbour)Põhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandSA Eesti MeremuuseumNaissaareLeppneemeLeppneeme, Viimsi ParishGulf of FinlandViimsi ParishKelnaseLoksaLoksaGulf of FinlandMarsalis Shipyard OÜManilaiuManija, Pärnu (Manõja)Gulf of RigaAS Saarte LiinidMunalaidMeerusePõhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandOÜ Tallinna Bekkeri SadamMiidurannaMiiduranna, Viimsi ParishGulf of FinlandAS Miiduranna SadamMunalaiuLao, PärnuGulf of FinlandAS Saarte LiinidKihnuManilaidMuugaMaarduGulf of FinlandAS Tallinna SadamVuosaariMõntuMõntu, Saaremaa Parish (Saaremaa)Gulf of RigaOÜ Mõntu SadamNaissaareLõunaküla / Storbyn, Viimsi Parish (Naissaar)Gulf of FinlandAS Saarte LiinidTallinn (Lennusadam)Tallinn (Pirita)NasvaNasva, Saaremaa Parish (Saaremaa)Gulf of RigaBaltic Workboats ASNoblessnerPõhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandPort Noblessner OÜPakrineemePaldiski, Lääne-Harju ParishGulf of FinlandAS Eesti Varude KeskusPaldiski SouthPaldiski, Lääne-Harju ParishGulf of FinlandAS Tallinna SadamKapellskärPaldiski NorthPaldiski, Lääne-Harju ParishGulf of FinlandPaldiski Sadamate ASKapellskärPaljassaarePõhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandOÜ HundipeaPatareisadam*Põhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandTallinn Transport DepartmentAegnaPiirissaareTooni, Tartu Parish (Piirissaar)Lake PeipusAS Saarte LiinidLaaksaarePiirivalvesadam*(Border Guard Harbour)*Põhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandPolice and Border Guard BoardPärnuPärnuGulf of RigaAS Pärnu SadamRuhnuRohukülaRohuküla, HaapsaluVäinameriAS Saarte LiinidHeltermaaSvibyRoomassaareKuressaare, Saaremaa Parish (Saaremaa)Gulf of RigaAS Saarte LiinidAbrukaRuhnuRuhnuRuhnu, Ruhnu Parish (Ruhnu / Runö)Gulf of RigaAS Saarte LiinidPärnuRoomassaareSaaremaaNinase, Saaremaa Parish (Saaremaa)Baltic SeaAS Tallinna SadamSillamäeSillamäeGulf of FinlandAS Sillamäe SadamSuursadam*Suuresadama, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)VäinameriAS Hiiu KalurSvibySviby, Vormsi Parish (Vormsi / Ormsö)VäinameriAS Saarte LiinidRohukülaSõruPärna, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)VäinameriAS Saarte LiinidTriigiTriigiTriigi, Saaremaa Parish (Saaremaa)VäinameriAS Saarte LiinidSõruVanasadam(Old City Harbour)Kesklinn, TallinnGulf of FinlandAS Tallinna SadamHelsinki (Länsisatama)Helsinki (Katajanokka)Stockholm (Värtahamnen)MariehamnVeereVeeremäe, Saaremaa Parish (Saaremaa)Baltic SeaAS Veere SadamVene-BaltiPõhja-Tallinn, TallinnGulf of FinlandBLRT Grupp ASVirtsuVirtsu, Lääneranna ParishVäinameriAS Saarte LiinidKuivastuWestmeri*HaapsaluVäinameriOÜ MorobellSource: State Port Register

Minor ports Name Location (island in brackets) Sea area Manager Port servicesAbajaAbaja, Saaremaa Parish (Saaremaa)Baltic SeaMTÜ Abaja PuhkealanoneAdmiraliHõbesalu, Lääneranna ParishVäinameriOÜ Skandia ArendusnoneAhoiNasva, Saaremaa Parish (Saaremaa)Nasva rivernoneAlajõeAlajõe, Alutaguse ParishLake PeipusPeipsi Trade LTD OÜnoneAlliklepaAlliklepa, Lääne-Harju ParishGulf of FinlandAlliklepa Sadam OÜonly for crafts under 24mAtlaAtla, Saaremaa Parish (Saaremaa)Baltic SeaAtla Sadam MTÜonly for crafts under 24mBeresjeBeresje, Setomaa ParishLake PihkvaSetomaa ParishnoneBürgermeistriHaapsaluVäinameriHaapsalu City GovernmentnoneEismaEisma, Haljala Parish Gulf of FinlandMTÜ Eisma Sadamonly for crafts under 24mHaapsalu VanasadamHaapsaluVäinameriSA Rannarootsi MuuseumnoneHaapsalu VeskiviigiHaapsaluVäinameriGHM Halduse OÜonly for crafts under 24mHaldiHaldi, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)Baltic SeaMTÜ Haldi SadamnoneHaraHara / Harga, Lääne-Nigula ParishVäinameriLääne-Nigula Parishonly for crafts under 24mHaraHara, Kuusalu ParishGulf of FinlandMTÜ Hara Sadamonly for crafts under 24mHiiessaareHiiessaare, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)VäinamerinoneJaagupiPenu, Häädemeeste ParishGulf of RigaJaagupi Sadama Arendus OÜnoneJapsiPärnuPärnu riverAS JapsnoneJuhetaSaulepa, PärnuGulf of RigaMTÜ Saulepa SadamnoneJõekääruRannapungerja, Alutaguse ParishLake PeipusMTÜ Rannapungerja SadamnoneJõeTartuEmajõgi riverMTÜ Paadisadam JõenoneJõesuuVaibla, Viljandi ParishEmajõgi riverVõrtsjärve Sõprade SeltsnoneKaaviKaavi, Saaremaa ParishBaltic SeaSaaremaa ParishnoneKaberneemeKaberneeme, Jõelähtme ParishGulf of FinlandKaberneeme Marina OÜonly for crafts under 24mKadarikuMereäärse, Lääneranna ParishGulf of Rigaonly for crafts under 24mKakriSuuresadama, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)VäinameriMTÜ Suuresadama Paadiseltsno port servicesKalana JahisadamKalana, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)Baltic SeaSA Hiiumaa Sadamadonly for crafts under 24mKalanaKalana, Hiiumaa Parish (Hiiumaa)Baltic SeaJT Holding OÜnoneKalasadam