Die Nicking Enzyme Amplification Reaction (deutsch ‚Einzelstrangbruchsenzym-Amplifikationsreaktion‘, NEAR) ist eine biochemische Methode zur Vervielfältigung (Amplifikation) von DNA. Sie ist eine Variante der isothermalen DNA-Amplifikation.
Prinzip Die nicking enzyme amplification reaction verwendet eine DNA-Polymerase mit DNA-Doppelstrang-trennenden Eigenschaften bei gleichbleibender Temperatur (isothermal), die während der Synthese eines zweiten DNA-Strangs den vorliegenden Doppelstrang auftrennt und den bestehenden zweiten Strang verdrängt. Weiterhin wird eine Endonuklease wie Nt.BstNBI (ein nicking enzyme) zur Erzeugung von Einzelstrangbrüchen in doppelsträngiger DNA verwendet.
Alternative Methoden zur Amplifikation von DNA sind z. B. die Polymerasekettenreaktion, die , die , die (LAMP), (NASBA), die (HDA), die , die (RCA).E. C. Oriero, J. Jacobs, J. P. Van Geertruyden, D. Nwakanma, U. D’Alessandro: Molecular-based isothermal tests for field diagnosis of malaria and their potential contribution to malaria elimination. In: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. [elektronische Veröffentlichung vor dem Druck] September 2014, doi:10.1093/jac/dku343, PMID 25223973. Weitere Nachweisverfahren sind z. B. die (NESA) und (NENNA), , , und (die beiden letzteren benutzen DNAzyme alias Desoxyribozyme), nicht-kovalente DNA-Katalysen und die (HCR).L. Yan, J. Zhou, Y. Zheng, A. S. Gamson, B. T. Roembke, S. Nakayama, H. O. Sintim: Isothermal amplified detection of DNA and RNA. In: Molecular bioSystems. Band 10, Nummer 5, Mai 2014, S. 970–1003, doi:10.1039/c3mb70304e, PMID 24643211.
Anwendungen NEAR wird zur Amplifikation von DNA verwendet, darunter auch markierte Oligonukleotide.P. Ménová, V. Raindlová, M. Hocek: Scope and limitations of the nicking enzyme amplification reaction for the synthesis of base-modified oligonucleotides and primers for PCR. In: Bioconjugate Chemistry. Band 24, Nummer 6, Juni 2013, S. 1081–1093, doi:10.1021/bc400149q, PMID 23682869.D. Dziuba, R. Pohl, M. Hocek: Bodipy-Labeled Nucleoside Triphosphates for Polymerase Synthesis of Fluorescent DNA. In: Bioconjugate Chemistry. Band 25, Nummer 11, November 2014, S. 1984–1995, doi:10.1021/bc5003554, PMID 25290695.
Einzelnachweise
Kategorie:Nukleinsäure-Methode Kategorie:Molekularbiologie Kategorie:Biochemisches Nachweisverfahren