thumb|Indonesië thumb|Kerkprovincies met bisdommen in Indonesië thumb|Kathedraal van Ende, Flores thumb|Kerk in Sawahlunto, Sumatra thumb|Kathedraal van Bogor De Katholieke Kerk in Indonesië maakt deel uit van de wereldwijde Katholieke Kerk onder het leiderschap van de paus en de curie.
Daar waar in 1930 0,5 % van de bevolking katholiek was, telt Indonesië in 2012 ongeveer 7 miljoen katholieken (3 % van de bevolking). De groei van de Kerk in Indonesië was mede mogelijk door de aanwezigheid van een kleine tweeduizend buitenlandse geestelijken (priesters, broeders en zusters), hoofdzakelijk Portugezen en Nederlanders.
Geschiedenis 19e eeuw Nadat de toelating van missionarissen tot Nederlands-Indië definitief was geregeld werd hiervoor in 1859 de Nederlandse provincie van de jezuïeten (SJ) ingeschakeld. Frans van Lith (1863–1929) was de eerste missionaris van deze orde die het katholieke geloof op Java verkondigde. In dezelfde tijd arriveerden de eerste leden van verschillende zuster- en broedercongregaties.
20e eeuw Rond de eeuwwisseling doorbreekt Rome het missie-monopolie van de jezuïeten als ook andere orden officieel bepaalde gebieden krijgen toegewezen: 1902: Heilig Hart (MSC) te weten op de Molukken, Nieuw-Guinea, Celebes (in 1909) en Poerwokerto (jaren 20) 1905: Capucijnen (OFM) te weten op Borneo en (in 1911) Sumatra 1912: Goddelijk Woord (SVD) te weten op Flores en (west) Timor Jaren 20: Franciscanen (OFM) te weten Batavia Karmelieten (OC) te weten Malang Lazaristen (CM) te weten Soerabaja Kruisheren (OSC) te weten Bandoeng
De missionarissen richtten hun aandacht aanvankelijk vooral op hun geloofsgenoten in de Europese bevolkingsgroep, de Indo-Europeanen en de Chinezen, óók voor wat betreft (godsdienst)onderwijs en gezondheidszorg.
Met een beleid van politieke neutraliteit (afzijdigheid) en door haar supra-nationale karakter wist de katholieke kerk zich te handhaven tijdens de Japanse bezetting en ook in de daaropvolgende onafhankelijkheidsoorlog. Na de machtsoverdracht in 1949 bleef de missie intact. De persoon van Soegijapranata was een belangrijke bemiddelaar. De Europese geestelijkheid werd wel aangeraden de Indonesische nationaliteit aan te nemen. Bisschop Willekens weigerde dit.Jan Bank (1983), Katholieken en de Indonesische Revolutie (dissertatie), Baarn : Ambo, blz 9, 18, 461, 478
In 1979 eiste de Indonesische regering dat alle buitenlandse geestelijken die niet reeds Indonesisch staatsburger waren geworden, driekwart van het totaal, het land zouden verlaten.
Lang bleef de kerkelijke leiding Europees van karakter: In 1961 waren slechts 3 van de 25 bisschoppen van Indonesische origine, d.w.z. geboren in Nederlands-Indië. In 1991 was dit gestegen tot 25 van de 33. Tussen 1940 en 1989 steeg het percentage Indonesiërs onder de priesters van 3% tot 64%, van broeders tot 84% en van zusters tot 93%.
De invloed van de Katholieke Kerk in Indonesië is relatief groot in vergelijking met het aandeel katholieken onder de bevolking, mede door een uitgebreid netwerk van kwaliteitsvolle scholen en ziekenhuizen. Kompas, het meest gelezen dagblad van Indonesië, werd door twee katholieken (P.K. Ojong en Jacob Oetama) gesticht.
21e eeuw Naar aanleiding van het ad liminabezoek van de Indonesische bisschoppen in oktober 2011, drong paus Benedictus XVI aan op meer godsdienstvrijheid voor de Indonesische christenen.Paus wenst godsdienstvrijheid in Indonesië, www.kerknieuw.nl, 8 oktober 2011
Apostolisch nuntius voor Indonesië is sinds 1 juli 2026 aartsbisschop Walter Erbì.
Concentratiegebieden De volgende gebieden kennen een relatief hoge concentratie katholieken: West-Timor en Flores (= provincie Oost-Nusa Tenggara) Kei- en Tanimbareilanden (= onderdeel van de Molukken) Jakarta (= hoofdstad, op eiland Java)
Territoriale indeling Kerkprovincie Ende: Aartsbisdom Ende - Bisdom Denpasar - Bisdom Labuan Bajo - Bisdom Larantuka - Bisdom Maumere - Bisdom Ruteng Kerkprovincie Jakarta: Aartsbisdom Jakarta - Bisdom Bandung - Bisdom Bogor Kerkprovincie Kupang: Aartsbisdom Kupang - Bisdom Atambua - Bisdom Weetebula Kerkprovincie Makassar: Aartsbisdom Makassar - Bisdom Amboina - Bisdom Manado Kerkprovincie Medan: Aartsbisdom Medan - Bisdom Padang - Bisdom Sibolga Kerkprovincie Merauke: Aartsbisdom Merauke - Bisdom Agats - Bisdom Jayapura - Bisdom Manokwari-Sorong - Bisdom Timika Kerkprovincie Palembang: Aartsbisdom Palembang - Bisdom Pangkalpinang - Bisdom Tanjungkarang Kerkprovincie Pontianak: Aartsbisdom Pontianak - Bisdom Ketapang - Bisdom Sanggau - Bisdom Sintang Kerkprovincie Samarinda: Aartsbisdom Samarinda - Bisdom Banjarmasin - Bisdom Palangkaraya - Bisdom Tanjung Selor Kerkprovincie Semarang: Aartsbisdom Semarang - Bisdom Malang - Bisdom Purwokerto - Bisdom Surabaya Militair ordinariaat
Bisschoppen Voor een volledig overzicht van de bisschoppen in Indonesië (en voormalig Nederlands-Indië) raadpleeg de op de Indonesische wikipedia. Jakarta Lijst van aartsbisschoppen van Jakarta Ambon Jacobus Grent, M.S.C. (1889-1983), bisschop van Ambon André Sol, M.S.C. (1915-2016), bisschop van Ambon