Väike-Pungerja is een plaats in de Estlandse gemeente Alutaguse, provincie Ida-Virumaa. De plaats heeft de status van dorp (Estisch: küla) en telt 33 inwoners (2021)., Estisch bureau voor de statistiek, interactieve kaart.
Tot in oktober 2017 hoorde Väike-Pungerja bij de gemeente Mäetaguse. In die maand werd Mäetaguse bij de fusiegemeente Alutaguse gevoegd.
De Põhimaantee 3, de hoofdweg van Jõhvi via Tartu en Valga naar de grens met Letland, loopt door Väike-Pungerja.
Categorie:Plaats in Estland