Hieronder staat een lijst van vlaggen van Zuid-Soedanese deelgebieden. Zuid-Soedan heeft tien staten, twee bestuurlijke gebieden en één gebied met een speciale bestuurlijke status. De tien staten hebben staatsvlaggen aangenomen.
Vlaggen van staten
Vlaggen van administratieve gebieden
Vlaggen van regio's
Zie ook Staten van Zuid-Soedan Vlag van Zuid-Soedan Lijst van vlaggen van Zuid-Soedan
Zuid-Soedan Vlaggen