In deze lijst van rivieren in Indonesië zijn de rivieren en zijrivieren per eiland gegroepeerd en van west naar oost geordend naar stroomgebied, waarbij de opeenvolgende zijrivieren ingesprongen zijn weergegeven onder de naam van de betreffende hoofdrivier.
Bali
Ayung Sungi
Celebes
Palu Lariang Karama Sadang Mamasa Jeneberang Walanae Kalaena Sampara Lasolo Lalindu Bongka Poso Marisa Paguyaman Manado Pangkajene
Flores
Wera Sissa
Java Noordkust
Liman Durian Sadane Ciliwung Citarum Beet Asem Manuk Pemali Bodri Serang Solo Lusi Madiun Brantas Mas Porong Widas Setail
Zuidkust
Baliung Mandiri Kaso Buni Laki Kaingan Serayu Progo Opak Oyo Sanen
Kalimantan
Kapuas Sekayam Melawi Pawan Keriau Jelai-Bila Lamandau Arut Pembuang Sampit Mendawai Kahayan Barito Martapura Kapuas Negara Mahakam Telen Belayan Lawa Berau Kelai Kayan Bahau Sesayap Sembakung
Nieuw-Guinea Noordkust
Wamma Tabai Warenai Wapoga Mamberamo Tariku Van Daalen Taritatu Sobger Waruta Songgato Sepik Wewe
Zuidkust
Seremuk Kamundan Wiriagar Muturi Momats Mimika Lorentz Pulau Kampung Vriendschapsrivier Wildeman Mapi Digoel Bulaka Bien Kumbe Maro (of Merauke) Fly Ok Tedi
Sumatra Noordkust
Aceh Peusangen Jamboaye Peureulak Tamiang Bohorok Silau Asahan Kualu Alas Bingai Barumun Bila Rokan Rokan-kiri Rokan-kanan Kumu Siak Mandau Kampar Kampar Kanan Indragiri Ombilin Sinamar Tungkal Batang Hari Tembesi Merargin Banyuasin Musi Komering Ogan Rawas Mesuji Tulangbawang Seputih Sekampung
Zuidkust
Teunom Woyla Tripa Kluet Simpang-kiri Simpang-kanan Renun Toru Gadis helda
Sumba
Polapare Kadassa Kadumbul Melolo
Sumbawa
Moyo
Timor
Noel Besi Mina Benain
Indonesie Rivieren