De missie van de jezuïeten in Japan maakt deel uit van de geschiedenis van de eerste betrekkingen tussen Europa en Japan. De missie begon in het kielzog van de aankomst van de eerste Portugese schepen in Japan in 1543. In 1549 arriveerde Franciscus Xaverius met een aantal metgezellen in Kagoshima op het eiland Kyushu. Deze periode in Japan was het laatste deel van de Sengoku-periode, die voor een deel een overlap in jaren heeft met de Azuchi-Momoyamaperiode. Het was een periode waarin de laatste burgeroorlogen plaatsvonden op weg naar een beëindiging van de bestuurlijke fragmentatie van het land en naar een vorm van hereniging die in 1603 zou leiden tot het Tokugawa-shogunaat. Het land werd bestuurd door feodale heersers, de daimyo's.
Xaverius en zijn opvolgers wisten in enkele decennia een groot aantal bekeringen te maken. Rond 1580 zou er sprake zijn van ruim 230.000 Japanse christenen. Eind zestiende eeuw, begin zeventiende eeuw werd de missie in Japan gezien als de belangrijkste en meest prestigieuze onderneming van de orde. In 1614 werd echter de uitoefening van het christendom in Japan verboden en kregen de missionarissen opdracht het land te verlaten. Een aanzienlijk aantal koos ervoor te blijven en nieuwe missionarissen slaagden er ook in het land weer binnen te komen. Vanaf 1623 was het Japanse overheidsbeleid gericht op de vernietiging van het christendom in het land. De missie hield nog enkele decennia enigszins stand, maar was na 1640 feitelijk beëindigd.
Tot 1593 waren de jezuïeten de enige missieorganisatie in Japan. Daarna waren ook franciscanen en enige dominicanen aanwezig. De jezuïeten bleven echter een grote meerderheid onder de in het land aanwezige missionarissen. Het beeld van de zogenaamde christelijke eeuw in Japan wordt dan ook sterk bepaald door die van de jezuïeten.
Eerste fase van de missie thumb|275px|Japanse soldaten met door de Portugezen geleverde haakbussen aan de daimyo's Een van de metgezellen van Xaverius was de Japanner Yajiro, die in 1546 in Japan wegens een moord was veroordeeld. Hij wist op een Portugees schip te ontkomen. Xaverius had hem in 1547 in Malakka ontmoet en hem in 1548 gedoopt. Yajiro beheerste bij aankomst Portugees en hij vertaalde dan ook de christelijke kernbegrippen in het Japans. Hij gebruikte daarvoor boeddhistische termen. Paradijs vertaalde hij als Zuiver Land, ontleend aan het Zuiver Land-boeddhisme. De grootste moeilijkheid was het benoemen van de christelijke god. Dat werd Dainichi, binnen het Shingon boeddhisme het equivalent van de dhyani-Boeddha Vairocana. De boeddhistische monniken in de omgeving verwelkomden dan ook de jezuïeten, omdat zij van de gedachte uitgingen, dat het christendom een stroming binnen het boeddhisme zou zijn. Het christendom werd door hen Tenjikushu genoemd. Tenjiku is het Japanse woord voor India en shu heeft de betekenis van stroming. Na twee jaar ontdekte Xaverius de fout en vanaf dat moment werden de christelijke kernbegrippen met transliteraties uit het Latijn en Portugees benoemd. God werd Deus en christelijke zaken en personen werd Kirishitan ontleend aan het Portugese Christão. De verhouding met de boeddhistische gemeenschap werd daarna vijandig. De monniken gingen het woord Deus identificeren met het vrijwel gelijkluidende Dai-ushu, dat de betekenis heeft van grote leugen.
Een aantal daimyo's ging over tot het christendom, omdat zij wilden participeren in de lucratieve handelscontacten met de Portugezen, die hen ook van vuurwapens konden voorzien. Deze daimyo's stelden grond te beschikking om bouw van kerken mogelijk te maken en gaven toestemming te prediken en te bekeren onder de bevolking van hun gebieden. De meeste nieuwe gelovigen waren het resultaat van massabekeringen. Vaak gingen uit loyaliteit met de daimyo duizenden, soms tienduizenden personen in korte periode over tot het christendom. Daimyo's die de jezuïeten wat minder welkom heetten, werden geconfronteerd met het feit dat Portugese schepen in hun havens niet of nauwelijks aanmeerden.
De herstructurering van de missie thumb|275px|Alessandro Valignano had de voor die tijd ongebruikelijke lengte van ruim twee meter. In Japan was dat een sensatie De jezuïeten verdeelden hun missiegebieden in geografische eenheden, die provincies werden genoemd. In principe was in ieder van die provincies een visitator aanwezig. Een visitator was een inspecteur, die zelf niet direct betrokken was bij de uitvoering van de missie, maar wel in of nabij het missiegebied resideerde. Hij oefende namens de generaal-overste van de orde toezicht uit op de kwaliteit van de missies, het gedrag van de missionarissen en de voortgang van resultaten van de missie. De visitator was verantwoordelijk voor het beleid in het missiegebied. Hij besliste over de inzet van middelen, personeel, handhaving dan wel opening van nieuwe missieposten. Van 1578 tot 1606 was Alessandro Valignano vanuit zijn residentie in Macau de visitator voor de missiegebieden Japan en China. In de praktijk ging zijn aandacht vooral uit naar Japan. Hij zou driemaal enkele jaren ook in Japan verblijven.
Tijdens zijn eerste verblijf kwam hij snel tot de conclusie dat veel van de massabekeringen in wezen slechts nominale en marginale bekeringen waren. Valignano overwoog ook massabekeringen te verbieden, maar zag daar uiteindelijk vanaf. Hij merkte ook de verachting op die veel jezuïeten hadden en ook richting Japanners uitdroegen ten aanzien van Japanse gebruiken en gewoonten.
Hij ontwikkelde een strategie, gericht op een christendom dat voor Japanners meer te accepteren zou zijn. In 1581 schreef hij Il Cerimoniale per i Missionari del Giappone. Dit waren gedetailleerde voorschriften voor de jezuïeten in Japan. De essentie was de eis om zich zoveel mogelijk aan te passen aan de leefstijl en etiquette van de omgeving tot en met het verplicht moeten eten van Japans voedsel. Het bevatte verder een groot aantal opmerkingen, dat de getoonde minachting voor Japanse cultuur volstrekt misplaatst was.
Een groot aantal missionarissen beheerste de Japanse taal niet of nauwelijks. Een belangrijke maatregel was het verplicht stellen van een tweejarige training voor iedere nieuwe missionaris in de Japanse taal. Valignano realiseerde zich, dat het aantal Europese jezuïeten in Japan volstrekt ontoereikend zou zijn voor een reëel pastoraat over het aantal christenen. Zijn belangrijkste prioriteit werd dan ook het een aanvang maken van de opleiding voor volwaardige Japanse priesters. Tijdens die reis en ook in latere perioden werden door Valignano seminaries gesticht met dat doel. In 1586 werd in Lissabon een door hem geschreven catechismus gedrukt, de Catechismus Christianae Fidei als een leerboek voor Japanse studenten aan de seminaries
Die maatregelen kregen aanzienlijke tegenstand. Ook Francisco Cabral, de toenmalige provinciaal in Japan verzette zich. Hij wenste Japanners niet boven de positie van lekenbroeders te accepteren. Hij had de opvatting, dat op de seminaries Japanners vooral Latijn moesten leren en de Europese cultuur en gedachtewereld adopteren. Valignano dwong uiteindelijk Cabral tot aftreden.
Financiën thumb|275px|Japanse prent van Portugese zijdehandelaren in Nagasaki Met de uitvoering van die maatregelen waren aanzienlijke kosten gemoeid. De belangrijkste inkomstenbron voor de jezuïeten in Japan was de zijdehandel. De Ming-dynastie had wegens Japanse piraterij de Chinese havens voor Japanse schepen gesloten. Portugese handelaren hadden dat vacuüm ingevuld. Die handel was onder meer gebaseerd op de verschillende verhouding tussen goud en zilver in China en Japan. Met in Japan verkregen – relatief goedkoop – zilver werd zijde ingekocht in China, waar het betalingsmiddel zilver een aanzienlijk hogere waarde had.
De zijde werd in Japan verkocht in een aantal havens van christelijke daimyo's aan een aantal Japanse consortia tegen vooraf vastgestelde prijzen. Jaarlijks werd ongeveer 100.000 kilogram zijde in Japan verkocht. De winstpercentages bij een geslaagde tocht van Macau via een Chinese naar een Japanse haven bedroegen rond de 70%. Valignano wist van het Portugese bestuur over Macau gedaan te krijgen dat op iedere reis de orde voor ongeveer 5% in de handel kon participeren met als bijzondere clausule dat verlies voor de jezuïeten bij een volgende reis gecompenseerd zou worden.
Tijdens zijn eerste bezoek aan Japan vond de bekering plaats van een daimyo die onder meer het toen onbelangrijke vissersplaatsje Nagasaki bezat. Als gevolg van die bekering werd de haven van Nagasaki het eigendom van de jezuïeten. Nagasaki werd snel de belangrijkste havenplaats van Japan en naast Goa en Macau een van de grootste in Azië. De orde kon door havengelden en invoerrechten de inkomsten ook sterk vermeerderen. Met name het eigendom van deze haven kreeg hevige kritiek in Europa van zowel de paus als de generaal-overste die door Valignano genegeerd werd. Uiteindelijk werd in Rome toch ingestemd met het eigendom onder de voorwaarde dat dit slechts van tijdelijke aard zou zijn.
Spanningen
Valignano slaagde niet in zijn opzet om andere religieuze ordes uit Japan te weren. Achtereenvolgende pausen hadden vastgesteld dat de missie in Japan een exclusieve verantwoordelijkheid voor de jezuïeten was en onder auspiciën van de Portugese kroon viel. Eind zestiende eeuw werd het in Spaans bezit zijnde Manilla op de Filipijnen een centrum voor de trans-Pacifische handel. Als gevolg daarvan werd ook Japan steeds meer een bestemming voor Spaanse schepen. In het kielzog daarvan werd de aankomst in Japan van franciscanen en enige dominicanen onontkoombaar. In 1608 hief paus Paulus V het exclusieve recht van de jezuïeten op.
De franciscanen zagen hun aankomst in Japan als het resultaat van een plan van de voorzienigheid. Zij beschouwden hun werk als een vanzelfsprekende nieuwe fase van de missie in Japan, waarmee feitelijk de fase van de jezuïeten kon worden afgesloten. Zij beschouwden de Japanse samenleving als volstrekt heidens, waaraan geen enkele religieuze of rituele concessie kon worden gedaan. Dit was ook de basis waarmee zij hun vaak volledige onwetendheid ten aanzien van Japanse gebruiken en rituelen legitimeerden. Die verschillende missiestrategieën gaven aanleiding tot bittere conflicten tussen franciscanen en jezuïeten. thumb|275px|De martelaarsdood van Sebastião Veira Een andere rivaliteit was tussen jezuïeten onderling. De jezuïeten verbonden aan de missie in Japan keken met enige minachting neer op de missie van de jezuïeten in China. Het feit, dat die missie na veertig jaar nog geen tienduizend bekeringen had gemaakt, gaf aanleiding tot spot. De jezuïeten verbonden aan de Japanse missie waren ook unaniem van opvatting, dat het beleid gericht op het accommoderen van in missiegebieden aanwezige rituelen, opvattingen en gebruiken in de uitoefening van het christendom in China veel te ver was doorgeschoten. Het handelde dan met name over de opvatting, dat de verering van Confucius in aan hem gewijde tempels en voorouderverering meer in het algemeen gezien werd als in religieus opzicht niet relevant en in ieder geval niet strijdig met het christelijk geloof. Deze onderlinge rivaliteit werd door de franciscanen ook voortdurend beklemtoond in de daarop volgende ritenstrijd.