De marathon van Wenen 1999 vond plaats op zondag 30 mei 1999 in Wenen. Het was de zestiende editie van deze wedstrijd.
Bij de mannen won Andrew Eyapan uit Kenia in 2:11.41. Hij had een grote voorsprong op zijn Ethiopische achtervolger Moges Taye, die in 2:15.19 over de finish kwam. De wedstrijd bij de vrouwen werd beslist door de Roemeense Florina Pana in 2:34.26.
In totaal finishten er 6112 hardlopers, waarvan 5504 mannen en 608 vrouwen.
Uitslagen Mannen rangnaamlandtijd Andrew Eyapan 2:11.41 Moges Taye 2:15.19 Timothy Moni 2:16.19 4 Leonid Shvetsov 2:17.03 5 Miroslaw Plawgo 2:18.10 6 Frederick Chumba 2:19.11 7 Charles Omwoyo 2:19.50 8 Migidio Bourifa 2:19.55 9 Ville Hautala 2:20.47 10 Gewey Suja 2:21.29 11 Max Wenisch 2:25.03 12 Nelson Chirchir 2:25.43 13 Erich Kokaly 2:27.30
Vrouwen rangnaamlandtijd Florina Pana 2:34.26 Jackline Cherotich 2:34.52 Gadisse Edato 2:35.53 4 Aurica Buia 2:36.29 5 Elizabeth Mongudhi 2:38.02 6 Dagmar Rabensteiner 2:49.33 16 Daniela Bidmon 3:13.28
1999 Wenen