Het seizoen 1988-1989 was het vierentwintigste jaar in het bestaan van de Nederlandse voetbalclub FC Twente. De Tukkers kwamen uit in de Nederlandse Eredivisie en namen deel aan het toernooi om de KNVB Beker.
Verloop FC Twente stond voor het derde achtereenvolgende seizoen onder leiding van technisch directeur Kees Rijvers en hoofdcoach Theo Vonk. Het technisch duo wist de derde plaats van het voorgaande seizoen 1987/88 te evenaren. Omdat de nacompetitie na twee edities was afgeschaft, was deze plek voor FC Twente voldoende om voor het eerst sinds 1980 plaatsing voor de UEFA Cup af te dwingen. Opvallend was het lage aantal tegendoelpunten (met 25 de minste van alle Eredivisieploegen) en het hoge aantal van 18 gelijke spelen. Acht competitiewedstrijden eindigden in 0-0, negen in 1-1 en een in 2-2. Grote uitslagen werden er behaald in de thuiswedstrijden tegen Feyenoord (6-1) en RKC (7-1).
In het toernooi om de KNVB Beker kwam Twente tot de derde ronde, waarin het werd uitgeschakeld door PSV. In de eerste en tweede ronde werden respectievelijk amateurclub NSVV en eerstedivisieclub SC Veendam verslagen.
Selectie Doelverdediger Theo Snelders verliet FC Twente voor het Schotse Aberdeen FC. Hans de Koning van AZ'67 werd aangetrokken als zijn vervanger. Ook onder andere Ron Willems (naar AFC Ajax), Ulrich Wilson (Go Ahead Eagles), Evert Bleuming (SC Heracles) en Eric Groeleken (FC Groningen) verlieten de club. Robin Schmidt werd overgenomen van Sparta. Michael Dikken kwam uit de eigen jeugd.
Op 7 juni 1989, kort na het einde van het seizoen, kwam verdediger Andy Scharmin om het leven bij de vliegramp bij het Surinaamse Zanderij.
Naam Positie Hans de Koning Doelverdediger Frank Ensink Doelverdediger Martin Koopman Verdediger Fred Rutten Verdediger André Paus Verdediger Patrick Bosch Verdediger Michael Dikken Verdediger Wilfried Elzinga Verdediger Andy Scharmin Verdediger Wim Balm Middenvelder
Naam Positie Marco Roelofsen Middenvelder Eric van Rossum Middenvelder Jan Pouls Middenvelder John Neijenhuis Middenvelder Henry Meijerman Middenvelder Robin Schmidt Aanvaller Piet Keur Aanvaller Mika Lipponen Aanvaller Pieter Huistra Aanvaller Gino Weber Aanvaller
KNVB Beker
Wedstrijden RondeDatumWedstrijdUitslag Eerste ronde 01.10.1988 NSVV Numansdorp – FC Twente 1–4 Tweede ronde 20.11.1988 FC Twente – BV Veendam 1–0 Achtste finale 15.02.1989 PSV Eindhoven – FC Twente 2–0
1988/89 Twente, FC