De Baltische Duitsers (Duits: Deutsch-Balten, vroeger: Balten) waren meestal etnisch Duitse inwoners die in het gebied van het huidige Estland en Letland woonden. De Baltisch-Duitse bevolking vormde hier nooit meer dan 10% van het totaal. Zij vormden echter voor meerdere eeuwen de sociale, commerciële, politieke en culturele elite. Sommigen van hen namen hoge posities in het militaire en civiele leven van het Keizerrijk Rusland in.
Middeleeuwen miniatuur|Ruïnes van de kerk van Ikšķile Bewoners uit het Duitse Rijk, en dat omvatte in de Middeleeuwen ook de Nederlanden, begonnen zich in de late 12e eeuw in wat nu Letland en Estland is te vestigen. Handelaren en missionarissen bezochten de kustlanden, bewoond door heidense stammen die Oostzeefinse talen spraken. Naar de stam der Lijven die de kusten van de Golf van Riga bewoonden noemden zij het gebied Lijfland. Aan de benedenloop van de Westelijke Dvina woonden de Baltische stammen der Selen en Letgallen, die onder vazalschap van het Oosters-orthodoxe Vorstendom Polotsk stonden. De migratie vanuit het westen kan gezien worden als onderdeel van de zogenaamde Duitse Oostkolonisatie.
In het kielzog van de Duitse kooplieden landde een monnik genaamd Meinhard in 1180 aan de monding van de Westelijke Dvina. In 1184 werd de eerste christelijke kerk in het gebied gebouwd bij het Lijfse dorp Ikšķile (Uexküll). In 1186 werd Meinhard gewijd als de eerste bisschop van Uexküll. Zijn werk richtte echter weinig uit en in 1193 gaf de paus toestemming tot een militaire bekeringscampagne, de zogenaamde Lijflandse Kruistocht onder leiding van bisschop Berthold van Hannover. Nadat de stamhoofden waren verslagen werd, in 1199, Albert van Buxhoeveden naar de Baltische landen gestuurd. Om een permanente militaire aanwezigheid te waarborgen, stichtte Albert, nu als bisschop van Lijfland, in 1202 de Orde van de Zwaardbroeders. Dertig jaar later was de verovering en formele kerstening van het huidige Estland en Letland (Estland, Lijfland en Koerland) afgesloten.
Een kerkelijke staat Terra Mariana werd opgericht, gedragen door een ridderschap van militair weerbare monniken, afkomstig uit Westfalen. Zij noemden zich de Zwaardbroeders en ontvingen voor hun veroveringswerk een derde deel van het land in bezit. Toen de Zwaardbroeders in 1236 verslagen werden door de verenigde Russen en Litouwers, riepen zij de hulp in van de verwante Duitse Orde in West- en Oost-Pruisen en noemden zij zich voortaan de Lijflandse Orde. Deze Orde kreeg vaste greep op de omstreden gebieden en ontving in 1346 bovendien Estland in bezit uit de handen van de Deense koning die zijn macht daar sinds 1200 had gevestigd. De politieke macht van de Orde moest zij in overeenstemming met die van de Bisschop van Riga uitoefenen, terwijl een lagere adel van vazallen het gezag uitoefende en, als exploitanten van de grond, de daarop wonende autochtone boeren daarbij als lijfeigenen inzette. Naast de adel in zijn verschillende rangen en standen, waren het de steden die de voornaamste economische grondslag legden. Zij waren in de 13de eeuw bij adellijke burchten opgericht, bevolkt door handelaren en handwerkslieden uit Noord-Duitsland en Scandinavië, en zij sloten zich aan bij het Hanzeverbond. In de stadsbesturen hadden de gilden de macht in handen. Om hun productie- en handelsmonopolie in handen van hun families te behouden, namen deze gilden uitsluitend 'Deutsche' als leden op; zij sloten tot aan de 19de eeuw autochtone Esten en Letten en vreemdelingen buiten en namen als nieuwe leden jonge gezellen aan die hun dochters huwden en afkomstig waren uit de gilden van andere Hanzesteden.
De politieke machtsverhoudingen speelden zich af tussen de bisschop van Riga, de Zwaardbroeders, de vazallen en de burgerijen. Onder de vazallen bevonden zich ook geslachten van autochtone stamhoofden maar deze integreerden in de Duits-Baltische machthebbende kaste en vertegenwoordigden de autochtone Esten en Letten niet langer. Omdat de ridders en kooplieden uit de Duitse gebieden zich vaak zonder vrouwen in de Baltische landen vestigden moet aangenomen worden dat zij inheemse vrouwen trouwden en daarom moeten de Baltische Duitsers beschouwd worden als een elitelaag van gemengde afkomst. Oorspronkelijk werd de administratie van de 'Terra Mariana' in het Latijn gevoerd. Al gauw verkreeg het Nederduits een overheersende positie. Na de opkomst van het lutheranisme en een nieuwe immigratiegolf uit Noord-Duitse steden verloor deze taal haar sociale grondslag en zakte zij af tot taal van zeelieden en lagere volksgroepen; ze werd gaandeweg door het Hoogduits verdrongen.
Toen de invloed van de Duitse Orde in de 15e eeuw door oorlogen met Polen en Litouwen verzwakte, begon de Lijflandse Orde een zelfstandig beleid te voeren en richtte zij in 1419 de Lijflandse Confederatie op. Deze kreeg als tegenstander het grootvorstendom Moskou dat kleine Russische vorstendommen als Pskov in 1460 en Novgorod in 1478 aan zich onderwierp en zo zijn macht uitbreidde tot aan de grenzen van de Confederatie om in 1492 tegenover de burcht van Narva (Narwa) die van Ivangorod te bouwen. De Duitse Hanzekooplieden werden in 1494 uit Novgorod gezet, enkele grensstroken bezet en ingelijfd, en ten slotte vond in 1502 een gewapend treffen plaats dat de Russen geen overwinning bracht. Een tweede poging bracht in 1558 wel succes toen Narwa werd bezet en verwoest, en in 1577 volgde Tartu (Dorpat) waarvan de bevolking naar Rusland werd gedeporteerd. Rusland wilde de Oostzee bereiken door een aantal burchten in te nemen en zodoende geheel Lijfland voor zich op te kunnen eisen. Dat voornemen bedreigde het machtsevenwicht zodanig dat de koningen van Zweden en Polen zich ermee gingen bemoeien. De eerste eiste voor zijn hulp de soevereiniteit over Estland op en de tweede deed dat ten aanzien van Lijfland en Koerland. Zie hieronder de Lijflandse Oorlog.
Na de Reformatie Toen de Duitse Orde in 1522 geseculariseerd werd als het hertogdom Pruisen, bleef de Lijflandse Orde onafhankelijk, hoewel bedreigd door agressieve buren. De celibaatsverplichtingen werden ook in deze Orde opgeheven, en dat maakte de verschillende fracties meer gelijk aan elkaar. De elite van de Zwaardbroeders zou zich tot 1561 daartegen verzetten omdat zij haar exclusieve macht niet wilde delen. Uiteindelijk zouden alle ridders zich seculariseren en families stichtten die het grondbezit in handen namen. Ook Poolse en Russische adellijken werden grootgrondbezitter door schenkingen van hun koningen en tsaren. Daarnaast gingen enkele Britse families relaties aan met de Baltische adel zoals die van Michael Andreas Barclay de Tolly, afkomstig uit Schotland.
In 1558 begon met de Russische inval in Lijfland de Lijflandse Oorlog tussen Rusland, Polen, Zweden en Denemarken, die 20 jaar duurde. In de loop van de oorlog werd het gebied van de Lijflandse Confederatie verdeeld tussen Denemarken (de eilanden Ösel en Dagö (Saaremaa 1583-1645, daarna Zweeds tot 1721), Zweden (Zweeds-Estland 1561-1721) en Polen (hertogdom Lijfland) 1561-1621, daarna Zweeds tot 1721), en het hertogdom Koerland en Semgallen als een vazalstaat van het Pools-Litouwse Gemenebest (1561-1795). Op de hier vermelde einddata (1721, 1772, 1795) werden de betrokken gebieden Russisch.
Tussen 1522 en 1524 nam op gezag van de ridderschap de gehele bevolking het lutheranisme aan. De ridders seculariseerden zich door hun geestelijke ordegeloften op te zeggen. In in hun milieu ontwikkelden zich sindsdien ca. 300 adellijke families. Hun titels waren niet geformaliseerd omdat zij niet verleend waren door een vorstelijke soeverein. Onder de Zweedse c.q. Poolse koningen werden ze nu gelijkgesteld met de Zweedse c.q. Poolse landadel. Pas toen zij het gezag van de Russische tsaren erkenden kregen zij de titel 'Freiherr' (Baron). De stedelijke burgerij nam de Reformatie uit eigen keuze aan, op grond van haar contacten met de lutherse Hanzesteden in het Duitse Rijk. De Esten en Letten op het platteland werd dit geloof opgelegd. De stedelijke burgerij liet voor eigen gebruik Nederduitse catechismussen drukken en voor haar dienstpersoneel verschenen ook de eerste gedrukte Estse en Letse religieuze werken, vooral gezangboeken en evangeliefragmenten, die in gebruik gegeven werden van predikanten die in het Ests en Lets preekten. De Bijbel zou door de burgerij overigens al snel in de Hoogduitse vertaling gebruikt gaan worden. Het Nederduits zakte sociaal af als gesproken taal van de lagere burgerij en als beroepsjargon in bepaalde gilden. Aan het einde van de 17de eeuw was het verdwenen, al zouden veel afzonderlijke woorden en uitdrukkingen lang blijven voortleven.
In 1629 veroverde Zweden vanuit Estland de noordwestelijke helft van het door Polen als wojwode (hertogdom) ingerichte Lijfland, inclusief de stad Riga. Dit werd nu Zweeds Lijfland. miniatuur|Viering van het 300-jarig bestaan van de universiteit Dorpat in 1932 Onder Zweeds koninklijk gezag maar in uitvoering van de Duits-Baltische ridderschap werd een Duitstalige Universiteit van Dorpat ingericht. Deze universiteit zou ook predikanten voor de Estse en Letse plattelandsbevolking gaan opleiden. Het zou nog tot 1689 duren voordat het Nieuwe en Oude Testament in het Lets werd gedrukt, en tot 1715 resp. 1739 voordat dat in het Estisch gebeurde. Ondanks deze zielzorg en dorpsonderwijs in de eigen taal zou de lutherse ‘Landeskirche’ een instelling van de Baltische adel en daarom vreemd blijven voor de lijfeigene Estse en Letse plattelandsbevolking, maar overigens was zij het intellectuele centrum van de Baltische Duitsers. Aan het einde van de jaren 1600 introduceerde Zweden ook in de Baltische provincies de zogenaamde Reductie. Dit betekent dat het onroerend goed van de adel Zweeds Kroondomein werd en als zodanig aan de ridderschap werd beleend. Deze hervorming maakte formeel vrije boeren van de lijfeigenen op die domeinen, maar deze bevrijding zou echter na de Russische verovering in 1710-1721 weer ongedaan worden gemaakt, omdat in Rusland alleen de horigheid als een legitieme 'rechtspositie' voor bezitloze boeren gold.
De situatie in het zuidoostelijke gedeelte van het hertogdom Lijfland, Letgallen genaamd, was sterk afwijkend. Dit gebied bleef tot aan de Russische inlijving in 1793 Pools en hier verbond de adel zich met de Poolse koning en nam zij de Poolse taal over en het rooms-katholieke geloof aan, ook de families van de Duitse ridderschap die nu deel werden van de Poolse adel.
Het hertogdom Koerland en Semgallen, hoewel nominaal onder de Poolse kroon, bleef autonoom tot aan zijn inlijving door Rusland in 1795. De Duitse ridderschap kon zich hier dan ook handhaven.
Na de Grote Noordse Oorlog van 1721 zijn al deze gebieden uiteindelijk in 1795 in het keizerrijk Rusland terechtgekomen. Zweeds-Estland werd het gouvernement Estland, Zweeds-Lijfland het gouvernement Lijfland, en het hertogdom Koerland en Semgallen werd het gouvernement Koerland. Tezamen heetten deze gebieden nu de 'Oostzeeprovincies'. De voorheen Poolse woiwodschap Letgallen werd daarvan afgescheiden als deel van het gouvernement Vitebsk.
Hoewel ze slechts een minderheid vormden, beheerden en beheersten de Baltische Duitsers dan 700 jaar de overheidsinstellingen, economie, onderwijs en cultuur van deze gebieden. De steden werden gedomineerd door de handelaren, het platteland werd beheerst door de zogenoemde 'Baltische baronnen'.
Onder de Russische tsaren Tussen 1710 en 1795, na het succes van Rusland in de Grote Noordse Oorlog en de Poolse Delingen, werden de door Baltische Duitsers bewoonde gebieden gouvernementen van het Russische Rijk. Echter, deze Baltische gouvernementen ook wel Oostzeeprovincies of Baltische provincies genoemd, bleven gedomineerd en bestuurd door de Duitstalige ridderschap, nakomelingen van de voormalige Zwaardbroeders en van meer recente adellijke immigranten uit het Duitse Rijk en uit Polen en Rusland.